In den Jahren seit 2003 begann die Jugendarbeit der Paderborn Baskets durch die Einführung und Umsetzung des Jugendförderkonzepts – “Talentoffensive Basketball in OWL” (gemeinsam mit dem Kooperationspartner TV Salzkotten) – nach einigen Jahren der Stagnation – einen neuen “Höhenflug“. So wurden 2006 in der U16 und U18 und im Jahre 2008 in der U12 die Westdeutschen Meisterschaften gewonnen und bei den Deutschen Meisterschaften 2006 die Plätze 3 und 5 belegt. Im gleichen Jahr wurde auch unsere U19 in die neu gegründete Nachwuchs-Basketball-Bundesliga (NBBL) aufgenommen. Dazu wurde den Paderborn Baskets von der Commerbank das Grüne Band verliehen, eine Auszeichnung für vorbildliche Talentförderung im Verein.

Parallel dazu steigerte sich auch die Herrenmannschaft stetig. Nach einer grandiosen Saison 2005/2006, in der man kein einziges Spiel verlor und insgesamt saisonübergreifend 50 Siege in Folge verbuchte, gelang ein zweites Mal in der Paderborner Basketballgeschichte unter Trainer Douglas Spradley der Aufstieg in die 1. Basketball-Bundesliga. Dort konnte man sich bis 2010 halten und erreichte 2009 sogar die Playoffs, in der man im Viertelfinale den damaligen Deutschen Meister ALBA Berlin zu fünf Spielen zwang und nur knapp scheiterte.