Auch in der Jugendarbeit konnte man weitere Erfolge verbuchen. 2009 stand man nur zwei Jahre nach der Gründung der NBBL (U19) unter Coach Artur Gacaev im Final Four. Zwar musste man sich im Finale dem Gastgeber aus Berlin geschlagen geben, dennoch war klar, dass dies nur der Anfang eines positiven Trends war. So wurde auch in den kommenden Jahren 2010 und 2011 das Top 4 erreicht, in denen man jedoch unglücklich im Halbfinale ausschied.
Auch in der neugegründeten JBBL (Jugend Basketball Bundesliga, U16) traten die Paderborn Baskets im Jahr 2009 das erste Mal an und erreichte prompt zweimal in Folge die Playoffs. Dort schaffte man in den ersten beiden Jahren direkt den Einzug in die Playoffs.

Im Bereich der U14 sollte 2011 das Jahr der Paderborner werden. Nach einer überzeugenden NRW-Liga Saison schaffte man bei den Nordwestdeutschen-Meisterschaften den Sprung ins Endturnier nach Bamberg. Nachdem das Team von Stefan Schettke im Halbfinale Langen bezwang, wartete Gastgeber Bamberg im Finale. Nach einem nervenraubenden Spiel stand fest: Nach zwanzig Jahren konnte der Verein seine ersten Deutsche Meisterschaft feiern.

Und auch im darauffolgenden Jahr standen die Paderborn Baskets in einem nationalen Finale. Nach einer grandiosen Saison mit nur zwei Niederlagen stand die U16 unter Trainer Stefan Schettke im JBBL-Finale in Hagen. Dort bezwang man den FC Bayern München und setzte der perfekten Saison die Krone auf. Es war die zweite Deutsche Meisterschaft des Vereins in Folge.